Magisterský studijní obor Sociální a kulturní antropologie je dvouletým navazujícím studijním programem, který je určen zájemcům s ukončeným bakalářským vzděláním společenskovědního či humanitního zaměření (antropologie, sociologie, politologie, historie, teritoriální studia, filosofie, humanistika, apod.). Povinná část studia (tzv. oborový základ) obsahuje přehled základních teorií, přístupů a témat rozvíjených současnou sociální a kulturní antropologií (teorie kultury, etnicity a nacionalismu; historická antropologie a etnografie; multikulturalismus, migrace a integrace; problematika sociální exkluze a inkluze; aplikovaná a rozvojová antropologie; terénní výzkum). V rámci volitelné části studia si student vybírá z dalších kurzů, které jsou v návaznosti na oborový základ zaměřeny především na následující tematické oblasti: 1) teorie a dějiny disciplíny, 2) etnografie kulturních areálů a historická antropologie a 3) aplikovaná antropologie a terénní výzkum.